El Consejo Nacional de Educación se rige por un reglamento (Decreto N° 359/2012, del Ministerio de Educación) que fija los tipos y periodicidad de las sesiones, las modalidades de funcionamiento interno, los cuórum de sesión y de acuerdos.
Sesiona periódicamente y sus acuerdos se adoptan por la mayoría de sus miembros presentes y, en algunas materias que la ley individualiza, por la mayoría de los miembros designados. En caso de empate, dirime el voto de su Presidente.
Su rol involucra juicios técnicos que requieren ser adoptados con independencia de otros organismos del Estado, como el Ministerio de Educación, la Agencia de la Calidad o la Comisión Nacional de Acreditación.
Su conformación, plural y diversa, dadas las distintas fuentes de designación de los consejeros, permite efectivamente que se constituya como un órgano colegiado que aborda, con visión de sistema y conocimientos técnicos, las materias sometidas a su consideración, desde distintas perspectivas y en consonancia con las políticas educativas.