El Consejo Nacional de Educación debe pronunciarse sobre solicitudes realizadas por establecimientos educacionales. En este sentido, le corresponderá ratificar la decisión tomada por el Ministerio de Educación en los casos de procesos de Admisión Especial y de Solicitud de Subvención, según lo establecido en la Ley N° 20.845 de Inclusión Escolar. También, extender al Ministerio de Educación un informe fundado sobre la factibilidad de dar el Reconocimiento Oficial apelando al Artículo Nº 45 del DFL N°2 del Ministerio de Educación, en establecimientos que apliquen métodos pedagógicos o planes y programas de estudio que no contengan evaluaciones equivalentes a las de general aplicación en el sistema escolar.
En otros casos, deberá servir como única instancia de reclamación de establecimientos educacionales por rechazo de Planes y Programas propios, Artículo Nº 31del DFL N°2 del Ministerio de Educación.